在傳統的萃取過程中,能量首先無規則地傳遞給萃取劑,然后萃取劑擴散進入基體物質,再從基體溶解或夾帶多種成分擴散出來,即遵循加熱>滲透進基體>溶解或夾帶>滲透出來的模式。粉末滅菌微波萃取法則是利用微波能來提高萃取效率的一種新技術。不同物質的介電常數不同,其吸收微波能的程度不同,由此產生的熱能及傳遞給周圍環境的熱能也不相同。在微波場中,吸收微波能力的差異使得基體物質的某些區域或萃取體系中的某些組分被選擇性加熱,從而使得被萃取物質從基體或體系中分離,進入到介電常數較小、微波吸收能力相對較差的萃取劑中。
　　作為一種電磁波，微波具有吸收性、穿透性、反射性，即：粉末滅菌可為極性物如水等選擇性吸收，從而被加熱，而不為玻璃、陶瓷等非極性物吸收，具穿透性。金屬要反射微波。
　　分子對微波具有選擇性吸收，極性分子可吸收微波能，然后弛豫，以熱能形式釋放能量，或者說由于極性分子的兩偶極在微波的較低頻電磁場中將有時間欲與外電場達成一致而振蕩，但粉末滅菌微波頻率要比分子轉動頻率快，迫使分子在轉動時太快速取向而通過碰撞、磨擦放能生熱。分子對不同頻率的微波吸收能力不同。將水與含有金屬離子的水溶液相比，用微波輻射，后者溫升更高。這可用微波的傳導機理解釋：溶液中的離子在交變電場作用下遷移，由于不斷碰撞產生熱能。水要吸收微波，加上鹽的作用，鹽水吸收微波后溫升更高。
　　從實驗看，相比于一般的熱源，微波有使被加熱物溫度升高快的優點，象加熱用的容器：玻璃、塑料不會升溫，而內盛的含水物升溫快，表面無孔的物體（如雞蛋）在加熱前，必須劃開表皮后，再放入微波爐中加熱，否則表面無孔的物體受熱膨脹，會爆裂。用塑料帶裝含水物體，用微波輻照加熱時，須敞口，否則含水物體加熱后，氣體膨脹出現炸裂現象。這些事實表明微波加熱是“內加熱”。用電爐加熱則是利用了空氣的對流，玻璃器皿的熱傳導作用，這種加熱方式能量損失大。