1、時間短、速度快常規熱力殺菌是通過熱傳導，對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部，要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌是微波能與食品及其細菌等微生物直接相互作用，熱效應與非熱效應共同作用，過到快速升溫殺菌目的，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。

2、低溫殺菌保持營養成分和傳統風味微波殺菌是通過特殊熱和非熱的效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。一般殺菌溫度在75-80攝氏度，就能達到效果，此外微波處理食品能保留更多的營養成分和色、香、味、形等風味，具有膨化效果。

3、節約能源常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用，因而沒有額外的熱能耗損。相比而言，一般可節電30％-50％。