目前常用的方法是高溫高壓滅菌，通過該操作不僅可殺死一般的細菌、真菌等微生物，對芽胞、孢子也有殺滅效果，是可靠、安全、衛生的物理滅菌法。

但是普通的高溫高壓蒸汽滅菌鍋，為了保證中藥粉末與滅菌蒸汽的充分接觸，保證其傳熱效率，現實做法一般采用將中藥粉末分成多份，分別裝入小型的試樣瓶中，單一試樣瓶中的中藥粉末較少，粉末滅菌設備滅菌效率高，但是相對于大批量的滅菌操作，如果采用逐一分成多份，滅菌完成后統一收集的操作，操作繁瑣，浪費大量的人力物力；如果采用一次性大批量的中藥粉末堆積的滅菌操作，則會造成局部中藥粉末堆積過多，滅菌不充分，給企業帶來的很大的困擾。