罐裝飲料的滅菌方法有兩種，一種是熱殺菌，另一種則是冷殺菌。熱殺菌指的是借助熱力作用將微生物殺死的殺菌方法，冷殺菌是非熱殺菌技術主要包括物理殺菌和化學殺菌，采用電磁波、壓力、光照等進行殺菌。
制作飲料時，廠家都會進行殺毒滅菌，其殺菌方式都不一樣。大多數飲料中都含有碳水化合物、蛋白質、維生素等營養，是適合微生物生長繁殖的重要場所。為了保證飲料的口感和風味，飲料在進行出售之前必須進行殺菌處理。
熱殺菌是最常見的滅菌方法之一，也是比較簡單容易的滅菌方式。一般熱殺菌方式有高溫長時殺菌、超高溫瞬時殺菌等。而加熱方式又分為蒸汽直接加熱、間接加熱等。
冷殺菌一般采用的都是物理手段，或者通過化學試劑來達到殺菌的效果。通常來說，最常見的冷殺菌有輻射殺菌、紫外線殺菌、磁力殺菌、超高壓殺菌等。冷殺菌的過程中，食品溫度不會出現升高或降低的情況，這樣既有利于保持食品中功能成分的生理活性，又有利于保持色、香、味及營養成分。